半空之中，漂浮著閃爍著多彩光芒的“知識之箱”，那里面藏著數不盡的世界、時間和人類。杜婭爾（種田梨沙 配音）與多蘿茜（佐倉綾音 配音）穿梭于“知識之箱”之中，與侵蝕各個世界的病毒作戰。凡是被病毒污染的世界，必須盡快予以消除。某天，兩人感覺到新病毒的出現，她們趕了過去，結果發現遭到病毒襲擊的少女莉莫（花守由美里 配音）。少女失去了記憶，只知曉性命，她說出的第一句話關系著所有人的命運……