次郎是光明寺博士為了替代死去的兒子一郎而傾盡心血的產物，但是作為一個有自主意識的人造人，次郎的思維裝置——良心回路在完成的時候出了問題。人類害怕次郎，因為次郎可以不斷學習，最后超越人類；而機器人也討厭次郎，因為擁有良心回路的機器人更加接近人類。并且，有良心回路的機器人是可以拒絕命令的，這更是讓次郎被人類和機器人兩邊都排斥的原因。 在于基路教授戰斗中，次郎一邊通過戰斗學習促使良心回路成長，一邊尋找光明寺博士的下落。這時，自稱次郎的弟弟的人造人三郎為了確認自己存在的意義而向次郎發起了挑戰，而讓次郎無法還手的利用就是，冷酷的基路教授把光明寺博士的腦放在了三郎體內！！…