經歷了常人難以想象的磨難和考驗，艾倫·葉卡（三浦春馬 飾）與阿明·阿諾德（本鄉奏多 飾）以及其他有著不同背景的年輕人終于成為了合格的調查兵團成員。他們奉命進行首度墻外調查，結果卻遭遇了可怕巨人的圍獵，傷亡慘重。為了拯救好友，艾倫喪身巨人之口，誰知在巨人的腹中，他體內的神秘基因覺醒化身為巨人的艾倫狂怒暴走，以壓倒性的實力擊敗了一波又一波的巨人。惡戰過后，艾倫恢復原形，他的突變也引起政府的高度關注。昏迷之中，沉睡已久的回憶悄然揭示著艾倫體內所隱藏的秘密，以及家族所遭受的慘劇。當艾倫面臨被處決的厄運之時，鎧甲巨人突然闖入將其擄走。在一個隔絕的房間內，艾倫與敷島（長谷川博己 飾）面對面。關于巨人，關于調查團，關于這個世界所有的秘密昭然若揭…