回說到NEO同學終于意識到自己的能力和使命，在中彈“復活"的同時，他也變成了無所不能“救世主"結尾的“飛升"象征著人類超級英雄的誕生：NEO將帶領錫安基地的人民，打響對機器世界的反擊戰，并將以勝利者的姿態結束這場戰斗，還人類以自由之aaa。他的使命會實現嗎？矩陣會那么甘心被摧毀嗎？在尋找矩陣系統內唯一知道系統弱點的“制鑰者"的過程中，NEO、墨菲斯和翠尼蒂遇到了前所未有的困難……